植物分類學課程內容為介紹植物分類、形態、演化的基本概念，專有名詞，與陸生植物各分類群的介紹。課程中會以臺灣可見的植物為主要素材，但也包含世界其他各地的植物，而以維管束植物為主要的教授內容。分類群的架構以目前廣泛接受的植物演化譜系關係(APG系統)為主軸，以科屬的介紹為課程的核心。
修習本課程的學生應已修過普通生物學或普通植物學的課程，故教授本課程時均假定學生已具備植物學相關的基本知識和名詞的認知。本課程的講授內容除植物分類學的相關主題，如分類學原理，形態描述，演化架構之外，尚包含臺灣自然史，特別是植物採集研究史和臺灣植物相的基本介紹。此外在學期中也安排獨立主題之專題演講，穿插於學期之中。全學期總共會介紹數百種分屬於超過一百個植物的科，但學習的重點在於對於科層級分類群的掌握，學期末學生應對其中常見而重要的五十個植物科有基本的瞭解和熟悉。對於臺灣的植物則希望學生能至少在常見類群中屬的層級有一定的認識，並且瞭解物種鑑定的流程，資料取得的管道等。